反滲透涉及一個(gè)離子排除過(guò)程（ionic exclusion process）。只有溶劑能夠通過(guò)半透膜（反滲透膜），而所有的離子以及溶解性分子（包括各種鹽和糖分）被截留。這種反滲透膜對(duì)鹽（離子）的截流是通過(guò)電荷反應(yīng)現(xiàn)象（charge phenomena action）實(shí)現(xiàn)的，帶電量越大，截流率越大。因此膜可以強(qiáng)烈的（>99%）截留多價(jià)離子，而對(duì)單價(jià)離子——比如鈉——只能截流95%。

基于這樣的原理，在反滲透膜開始工作的一段時(shí)間，離子根本就無(wú)法截流。這時(shí)的產(chǎn)水離子含量很大，我們?yōu)榇颂峁┮粋€(gè)轉(zhuǎn)向閥，自動(dòng)把這部分水排出到廢水池，直到水質(zhì)達(dá)到可以接受的水平才收集產(chǎn)水。

因此，盡管反滲透膜孔徑只有100道爾頓，但是它仍能夠去除小于100道爾頓的離子。